2014年3月1日實施的《公司法》相較2006年《公司法》，更加尊重股東意思自治，股東自治的空間進一步擴大。公司法中可由公司章程或者股東自行約定的重要事項相對增多，涉及到公司的權力結構、管理經營模式、分紅模式、股東之間的權利義務等。作為“公司憲法”，公司章程對公司的成立及運營具有十分重要的意義，公司股東和發起人在制度章程時，務必考慮周全，通過明確詳細的公司章程，就公司經營作出個性化的制度安排。
一、法定代表人
公司法第十三條規定，公司法定代表人依照公司章程的規定，由董事長、執行董事或者經理擔任，并依法登記。
按照公司法設定的公司治理架構，董事會是公司經營層面的最高決策機構，董事長（也會稱為：總經理）是董事會的組織者、代表人。是公司經營的組織實施者、執行者。
法定代表人是依法對外代表公司的人，其法律意義上的言、行，均可被視為公司的言行。通過印章使用、文件簽署控制公司的重大經營活動，對外代表公司開展業務。而對于公司法定代表人的選任，最終公司法放權決定將選擇權交給股東。
但是，當總經理為社會招聘的職業經理人時，法定代表人一般不會由總經理擔任。當董事長、總經理一方不符合法定代表人的任職條件時只能由另一方擔任。
二、對外投資、對外擔保
公司法第十六條規定，公司向其他企業投資或者為他人提供擔保，依照公司章程的規定，由董事會或者股東會、股東大會決議;公司章程對投資或者擔保的總額及單項投資或者擔保的數額有限額規定的，不得超過規定的限額。
對外擔保，可能使公司因承擔或然債務而遭受重大損失。所以公司法將其交由股東自行決定，但要求在公司章程中明確下來。明確的內容包括：是股東們自行決策，還是授權董事會決策;投資或擔保的單筆以及總額額度限制等問題。一般由股東自行決定，即由股東會或股東大會決議;當股東對董事會足夠信任時，可考慮授權董事會決策。
當公司為公司股東或者實際控制人提供擔保時，必須經股東會或者股東大會決議;且前款規定的股東或者受前款規定的實際控制人支配的股東，不得參加前款規定事項的表決;該項表決由出席會議的其他股東所持表決權的過半數通過。
三、股東持股比例可與出資比例不一致
對于這個問題，公司法并未明確規定可由公司章程另行約定，但司法實踐已經認可上述約定屬于公司股東意思自治的范疇。
在公司注冊資本符合法定要求的情況下，各股東的實際出資數額和持有股權比例應屬于公司股東意思自治的范疇。股東持有股權的比例一般與其實際出資比例一致，但有限責任公司的全體股東內部也可以約定不按實際出資比例持有股權，這樣的約定并不影響公司資本對公司債權擔保等對外基本功能實現。如該約定是各方當事人的真實意思表示，且沒有損害他人的利益，不違反法律和行政法規的規定，應屬有效，股東按照約定持有的股權應當受到法律的保護。
四、股東出資時間
公司法第二十五條、二十六條規定，有限責任公司的注冊資本為在公司登記機關登記的全體股東認繳的出資額，股東的出資時間應在公司章程中載明。
目前公司法實行認繳資本制。股東的認繳出資額、出資時間，完全由股東自行約定并在章程中載明。股東按約定時間足額完成出資即可。當約定的出資時間到期，但股東認為需要延期的，可以通過修改公司章程的方式調整出資時間。
到期股東負有向公司繳足當期出資的義務，當該項義務未完成時，公司的債權人可向股東要求履行出資義務，用于償還公司債務;二是未履行當期出資義務的股東，應當向已按期足額繳納出資的股東承擔違約責任。
五、分紅比例、認繳公司新增資本比例可與出資比例不一致
《公司法》第34條：股東按照實繳的出資比例分取紅利；公司新增資本時，股東有權優先按照實繳的出資比例認繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優先認繳出資的除外。
股東在背景、能力、資源、訴求等方面均會有所差異，有的股東并不看重對公司的實際控制，愿意從治理結構上讓渡一部分權力，但同時希望在紅利分配上做適當傾斜。對此，公司法給出了一個一般規則，即股東按照實繳的出資比例分取紅利;但同時充分尊重股東意思自治，允許股東以約定方式改變紅利的分配規則，改變后的分配比例、方式沒有任何限制，完全由股東商定。
另外關于增資認繳，一般原則是股東有權優先按照實繳的出資比例認繳增資。股東可以通過約定的方式改變此項原則。
六、表決權可與出資比例不一樣
《公司法》第42條：股東會會議由股東按照出資比例行使表決權；但是，公司章程另有規定的除外。
七、可通過公司章程限制股權轉讓時的剩余股東同意權、優先購買權
我們知道，侵害股東優先購買權的股權轉讓協議的效力是有瑕疵的，公司法之所以對股東對外轉讓股權設置剩余股東同意權、優先購買權等制度進行限制，主要是基于對有限公司人合性和股權自由轉讓兩種價值理念的平衡。公司法規定，有限責任公司股權轉讓的場合，允許股東通過公司章程事先自由安排出讓股東與剩余股東間二者的利益分配。
《公司法》第71條：有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權；不購買的，視為同意轉讓。
經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例；協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。
公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
八、公司章程可排除股東資格的繼承
《公司法》第75條：自然人股東死亡后，其合法繼承人可以繼承股東資格；但是，公司章程另有規定的除外。
九、全體股東一致同意的，可以書面形式行使股東會職權
《公司法》第37條：股東會行使下列職權： (一)決定公司的經營方針和投資計劃；…… (十一)公司章程規定的其他職權。
對前款所列事項股東以書面形式一致表示同意的，可以不召開股東會會議，直接作出決定，并由全體股東在決定文件上簽名、蓋章。
十、召開股東會會議的通知期限可另行約定
《公司法》第41條第1款：召開股東會會議，應當于會議召開十五日前通知全體股東；但是，公司章程另有規定或者全體股東另有約定的除外。
十一、公司章程對公司董、監、高轉讓本公司股份的限制可高于公司法
《公司法》第141條第2款：公司董事、監事、高級管理人員應當向公司申報所持有的本公司的股份及其變動情況，在任職期間每年轉讓的股份不得超過其所持有本公司股份總數的百分之二十五；所持本公司股份自公司股票上市交易之日起一年內不得轉讓。上述人員離職后半年內，不得轉讓其所持有的本公司股份。公司章程可以對公司董事、監事、高級管理人員轉讓其所持有的本公司股份作出其他限制性規定。
這些看似輕描淡寫的規則變化，放權、授權，具有重要的實務價值。